flow-ctrlのregist projectコマンドでは、基本指定のxfpファイルをホームフォルダーにアップロードした後プロジェクト登録を行いますが、既存のプロジェクトをコンパイルすることができます。

■コマンド例
regist project test.xfp -s

※サブフォルダ配下のプロジェクトファイルは相対パスで指定
例：regist project testdir¥test.xfp -s

・flow-ctrl コマンドリファレンス

他にも、flow-ctrlのshow projectコマンドを利用してコンパイルを行うこともできます。
・flow-ctrlのshow projectコマンドを利用したプロジェクトのコンパイルについて