-outputオプションに指定したファイルに出力してからバッチ内で読み込むなどして利用することができます。
flow-ctrlは対話型コマンドのため、詳細な制御が必要な場合はflowthinclient（クライアント開発ライブラリ）の使用をおすすめします。flowthinclientについては、製品ドキュメント一覧の「クライアント(flowthinclient)開発者ガイド」を参照してください。
flow-ctrl execで実行したフローの結果ストリームをバッチ内で利用できますか？
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