外部変数を変更した場合、参照元フローのプロジェクトに変更内容を反映させて保存する必要があります。反映させない状態でフローを移行した場合などにflow-ctrlコマンドでプロジェクトを登録すると上記エラーになります。
外部変数の変更を反映させるには、フローデザイナーから以下の手順のいずれかを行う必要があります。

• ツリーペインから参照元フローのプロジェクトを開き、保存する
• 「外部変数セットの編集」ダイアログボックスからまとめてまたは個別に反映させて保存する

詳しくは「フローサービスマニュアル」の「フローデザイナー」-「外部変数セット」-「編集した内容を参照元に反映する」を参照してください。