Velocityではテンプレートの指定方法が「ファイル」の場合、テンプレートの中で#includeや#parseを使うと外部ファイルに書かれたテンプレートを取り込むことができます。このとき、ファイルが見つからない場合は次のようなエラーになります。

Unable to find resource 'initialize.vm'

Velocityコンポーネントでは、外部参照するファイルの起点はユーザーのホームディレクトリになります。プロジェクトフォルダや参照元ファイルの置かれたフォルダではありませんので、注意してパスを指定してください。
※テンプレートの指定方法が「直接入力」の場合は他のファイルを読み込むことはできません。