簡単ですね。
ファイルペインの位置は以下を参照してください。3です。

逆にASTERIA WARPのホームディレクトリ上にあるファイルも「ファイルペイン」からデスクトップなどへドラッグ&ドロップでダウンロードすることもできます。フォルダーごとダウンロードできますのでとっても便利です。

プロジェクトを閉じていればドラッグ&ドロップ操作が可能です。ローカルにスナップショットとして取っておきたいときなどに便利です。
いちいちプロジェクトを閉じるのが面倒な方もいると思います。その場合は「ツリーペイン」でプロジェクトを選択してCtrl+Cでコピーしてください。フローデザイナーのUI上は特に何も起こりませんが、プロジェクトの内容がクリップボードにコピーされていますので、ローカルに空ファイルを作成しペーストして保存すれば、プロジェクトファイルになります。拡張子は.xfpにしてください。
もちろんローカルにあるプロジェクトファイルもCSVファイルと同様にアップロード可能です。デフォルト環境ですと、プロジェクトファイルをアップロードすると「ファイルペイン」には表示されずに「ツリーペイン」に表示されます。「ツリーペイン」にもプロジェクトファイルを表示したい場合は(あるとは思いませんが)ツール>環境設定>ファイルで、ファイルペインに表示しないファイルパターンから「.xfp」を削除してください。
今回はドラッグ&ドロップでのファイルアップロードをご紹介しましたが、デザイナーの機能を活用してより効率の良い開発にお役立て下さい。