そのような時は、フローの「説明」を書いてフローの画面上に付箋紙のように貼り付けることができます。
「説明」を追加するには、フローの画面上で右クリックしてメニューを表示し、「説明の挿入」を選びます。

そうすると次のような「説明の編集」ダイアログが表示されますので、フローの内容説明やフローに渡す引数の説明、フローの実行方法などを入力します。この時に背景色を変更しておくと視覚的により分かりやすくなります。

1つのフローに説明はいくつでも追加することができますので、まとまった処理単位で説明を追加したり、説明を2枚3枚と重ねて説明の見た目を良くしたりすることもできます。

ついでに、アイコンとアイコンをつなぐリンク線の色を変えるとさらに分かりやすいかもしれませんね。