POP3コンポーネントでは未読/既読の管理を行っていないので、POP3サーバーにあるメールはすべて処理の対象になります。

「コミット時の処理」プロパティで「サーバーからメッセージを削除」を指定した場合、取り込んだメールはサーバーから削除されるので通常問題となることはありませんが、他のメールクライアントで既読になっていてサーバーに残してあるメールは処理されるので注意してください。
また、「コミット時の処理」プロパティで「何もしない」を指定した場合、他のフローなどでそのメールを削除しない限り、次に実行したときに同じメールを処理するので注意してください。

なお、Gmailの場合はサーバーの仕様により、逆に既読のメールを取込むことはできません。詳しくはFAQ「POP3コンポーネントでGmailを受信すると既読のメールが受信できません」を参照してください。