Microsoft SQL Server 2005以降では「ログイン（ログインユーザー）」と「ユーザー（データベースユーザー）」という２つの概念があり、データベースとコネクションの設定によってはSQLビルダーなどでテーブル一覧が表示されない場合があります。

以下の方法で対応してください。

• コネクションの「使用するスキーマ」に該当のスキーマ名を設定する
• データベース名を明示的に指定する
  データベース名を指定する方法については以下の記事を合わせてご参考ください。
  SQL Serverのコネクション設定でデータベース名を指定できますか？
• データベースの接続プールをクリアする
  管理コンソールのメニューから「ツール」-「サービス」-「FlowService」画面の「データベース接続プール」項目で「クリア」をクリックします。
  (バージョン4.7.1以前では「ツール」-「サービス」-「フロー」画面の「データベース接続プールのクリア」項目で「実行」をクリック)