フローのキャンセル処理は一般的に実行中のコンポーネントの処理が終了したタイミングで行われます。
このメッセージは実行中のコンポーネントの処理時間が長く、内部的に指定されている時間内にキャンセルできなかった場合にタイムアウトを示すために表示しているだけで、キャンセル処理は無効ではありません。
該当のコンポーネントが終了した時点で、次の処理は行わずにフローの実行がキャンセルされてフローがアボートします。

例）以下のフローをキャンセルした場合

[Start]→[FileGet]→[FilePut]→[End]

上記フローで、FileGetコンポーネントの処理が長時間かかるとします。
FileGetコンポーネントの処理を開始したタイミングでフローの実行をキャンセルした場合、実際にフローがキャンセルされるのはFileGetコンポーネントの処理が終了したタイミングとなりますが、内部的に指定されている時間内にキャンセルできないため、キャンセル処理が行われる前にメッセージが表示されます。

以下のコンポーネントについては即時終了に対応しています。
■ASTERIA Warp 4.4以降
・RDBGet/RDBPut/RDBMerge/SQLCall
・HTTPGet/HTTPPost/REST
・FTPGet/FTPPut/FTPScript
・Sleep
・Mutex
・EXE

■ASTERIA Warp 4.5以降
・FastInsert

■ASTERIA Warp 4.8以降
・ParallelSubFlow

「フローサービス管理コンソールオンラインヘルプ」の「状態」-「フロー」-「リクエスト一覧」も参照してください。