Windows OS環境にてフローサービスをスタートメニュー、もしくはflowsvc.exeファイルの実行で起動した場合、Windows OSよりサインアウト（ログアウト）を行うとフローサービスは停止してしまいます。
※リモートデスクトップで接続した環境よりログオフする際にも同じです。

フローサービスをWindowsのサービスから起動するとサインアウト時の影響はありません。

サービス起動の方法については下記のドキュメントを確認してください。
・フローサービス マニュアル > 運用ガイド > 起動・停止と管理 > Windows > サービスから起動