メール監視トリガーでは未読/既読の管理を行っていないので、POP3サーバーにあるメールはすべて処理の対象になります。

実行設定の「メールボックスの設定」の「メールの削除」で削除するように指定した場合、取り込んだメールはサーバーから削除されるので通常問題となることはありませんが、他のメールクライアントで既読になっていてサーバーに残してあるメールは処理されるので注意してください。

FAQ「メール監視起動するフローの動作について詳しく教えてください」も併せて参照してください。