フローサービス管理コンソールの「設定」-「サービス」-「フロー」-「起動」画面の「その他のオプション」でJavaの起動オプションを指定することにより出力することができます。
「その他のオプション」項目に以下を入力して保存し、フローサービスを再起動してください。

-verbose:gc -Xloggc:[GCログ出力ファイルパス]

※ログに出力される時刻はJava起動からの相対時間ですが、
　下記オプションを追加すると絶対時刻（ログが出力された日付・時刻）になります。
　詳細はJavaの資料をご確認ください。
　-XX:+PrintGCDateStamps