実行設定の情報をそのままバージョン管理することはできませんが、プロジェクトを更新するたびに実行設定ファイルを自動的にエクスポートし、そのファイルをバージョン管理の対象にすることで擬似的にバージョン管理することができます。
手順は次のとおりです。

1. 管理コンソールの「ツール」-「アカウント」画面の「その他」で「プロジェクト更新時にエクスポートファイルを作成する」をチェックします。
2. 指定したファイル名で実行設定の情報が更新のたびにエクスポートされます。
3. エクスポートされたファイルをバージョン管理機能でコミットします。

このようにすると、開発機から本番機への移行時にバージョン管理機能を利用して配布することが簡単にできます。その後、このファイルを使用して実行設定をインポートすれば移行も簡単になります。