CSVを扱う場合にCSVストリームプロパティで「囲み文字」を指定すると、フィールドに改行が含まれていてもCSVとして正しく扱われます。例えば、下記の囲み文字(")のCSVの例では、1レコード4フィールドとして扱われます。
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"あああ","いいい","う
うう","えええ"
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CSVストリームプロパティについては、フローサービスマニュアルの「はじめに」-「フローの構成要素」-「ストリームプロパティ」-「CSV」の「囲み文字」の項目を参照してください。