フローサービス管理コンソールの「ツール」-「サービス」画面ではサービスの起動方法を指定することができます。

バージョン4.8.0以降の場合
「ツール」-「サービス」- 各サービスのサービスプロセス詳細画面で自動起動を「ON」または「OFF」に設定します。

バージョン4.7.1以前の場合
「ツール」-「サービス」-「一覧」画面で各サービスの起動方法を「自動」または「手動」に設定します。

ここでの設定はフローサービスを起動したときに内部のサービスを自動起動するかどうかを指定するものであり、Windowsの起動時に自動起動するかどうかを指定するものではありません。Windowsの起動時にフローサービスを起動したい場合は、Windowsの管理ツールでサービスのスタートアップの種類を「自動」に設定してください。